Atualmente, a Fundação Maria Cecília Souto Vidigal se dedica basicamente a dois grandes programas, o Primeiríssima Infância e a Hematologia.
Na área de Desenvolvimento da Primeira Infância, a FMCSV mantém um programa que engloba projetos sociais, municipais e em regiões metropolitanas, e projetos de geração e disseminação de conhecimento, entre eles, financiamento a pesquisas, traduções e publicações de livros, folhetos, fascículos e enciclopédia.
A FMCSV também tem atuação destacada na Rede Nacional Primeira Infância, na qual lidera, em conjunto com outros representantes, o trabalho em prol da adoção de planos municipais para a Primeira Infância.
A Hematologia é a área original de atuação da instituição, que hoje é exercida em parceria com a Fundação Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (USP), por meio do Hospital das Clínicas.
A FMCSV mantém a infra-estrutura física e de equipamentos de três laboratórios, dois ambulatórios e uma biblioteca de hematologia e hematoterapia, todos instalados dentro do Hospital da Clínicas. A gestão e a operação desses estabelecimentos são de responsabilidade do Hospital das Clínicas.