Dado as suas características, praticamente únicas no Brasil (Fundação de caráter familiar, cuja fonte de recursos está ligada única e exclusivamente à gestão de um Fundo Patrimonial, que gera benefícios sociais através da Gestão do Conhecimento), a FMCSV tomou o cuidado de estabelecer um modelo de Governança que lhe seja apropriado e que possa, eventualmente, ser tomado como exemplo por outras fundações.
A Governança da FMCSV cuida dos direcionamentos estratégicos, dos processos decisórios, do controle da qualidade e da transparência da sua atuação, com foco nos seus pilares de atividades: Gestão Patrimonial, Gestão do Conhecimento e Gestão de Programas relacionado às Áreas Programáticas e aos seus próprios processos internos.
O modelo de Governança da FMCSV é composto das seguintes estruturas e instrumentos: