Sempre que possível, a FMCSV prefere trabalhar em parceria, somando suas próprias experiências às de outras organizações.
A união do conhecimento e da capacidade de trabalho amplia o alcance e o impacto das ações, contribuindo para o cumprimento da missão de gerar e disseminar conhecimento para o desenvolvimento integral da criança.
Todos os projetos sociais que a Fundação desenvolve nos municípios e em região metropolitana são realizados em parceria com organizações locais e as respectivas prefeituras.
Além dessas parcerias, também foram feitos acordos com o Banco Mundial, o Conselho Nacional de Secretários de Saúde (Conass), a Fundação de Amparo à Pesquisa no Estado de São Paulo (Fapesp), a Fundação Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (FFM-USP) e o Offord Centre for Child Studies, do Canadá.
A FMCSV também busca se associar a entidades representativas para manter contato com seus pares, intercambiar experiências e colaborar na construção de um ambiente institucional que facilite e promova as atividades de fundações.
A FMCSV foi a primeira fundação brasileira a ser aceita como sócia do European Foundation Centre (EFC). Também é associada ao Council on Foundations (COF), entidade norte-americana que reúne o maior número de fundações no mundo.